中國農(nóng)機院呼和浩特分院始建于1960年，由原農(nóng)業(yè)機械部以農(nóng)機干徐字（1960）第77號文件批準(zhǔn)設(shè)立。曾用名內(nèi)蒙古畜牧機械研究所、機械工業(yè)部呼和浩特畜牧機械研究所等。1998年12月7日，原國家機械工業(yè)局以國機改（1998）第568號文《關(guān)于同意中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院與呼和浩特畜牧機械研究所合并的通知》批復(fù)，機械工業(yè)部呼和浩特畜牧機械研究所合并到中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院。2000年1月7日，原國家經(jīng)濟貿(mào)易委員會和國家科學(xué)技術(shù)部以國經(jīng)貿(mào)技術(shù)（2000）第16號文《關(guān)于印發(fā)調(diào)整國家經(jīng)貿(mào)委管理的10個國家局所屬部分科研機構(gòu)轉(zhuǎn)制方案的通知》，確定機械工業(yè)部呼和浩特畜牧機械研究所并入中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院，定名為中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院呼和浩特分院，轉(zhuǎn)制為中央直屬科技型企業(yè)。
呼和浩特分院位于內(nèi)蒙古自治區(qū)首府呼和浩特市賽罕區(qū)昭烏達(dá)路506號，院本部及下屬海拉爾試驗站站區(qū)占地面積14萬平方米，擁有呼和浩特中試生產(chǎn)基地、賽汗塔拉風(fēng)能實驗場、和林飼養(yǎng)技術(shù)及裝備試驗場、海拉爾低溫環(huán)境試驗站及科技示范農(nóng)牧場，占地共7000多公頃。目前，呼和浩特分院擁有5個全資子公司、3個控股公司，下設(shè)7個研究所、中心等，現(xiàn)有從業(yè)人員720人，其中技術(shù)開發(fā)人員197人，研究員13人，獲國務(wù)院頒發(fā)政府特殊津貼7人，*工程師68人。
呼和浩特分院是從事畜牧業(yè)裝備研究開發(fā)并具有自營進(jìn)出口業(yè)務(wù)權(quán)的科技型企業(yè)，也是*早從事可再生能源利用技術(shù)研究的科研單位之一。呼和浩特分院是“國家草原畜牧業(yè)裝備工程技術(shù)研究中心”、“內(nèi)蒙古畜牧業(yè)裝備工程技術(shù)研究中心”、“內(nèi)蒙古新能源工程技術(shù)研究中心”的依托單位。也是全國畜牧機械行業(yè)技術(shù)歸口單位，依托我院的公益性機構(gòu)主要有全國風(fēng)力機械標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會、中國農(nóng)業(yè)機械學(xué)會畜牧機械分會、機械工業(yè)畜牧機械產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)督檢測中心和機械工業(yè)風(fēng)力機械產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)督檢測中心等。
建院以來，呼和浩特分院形成了適應(yīng)我國畜牧業(yè)發(fā)展需要的草原建設(shè)與草原改良技術(shù)及裝備、飼草料收獲與貯存技術(shù)及裝備、牧草種子加工技術(shù)及裝備、飼草料制備與深加工技術(shù)及裝備、秸稈飼料轉(zhuǎn)化技術(shù)及裝備、畜產(chǎn)品采集與深加工技術(shù)及裝備、畜禽飼養(yǎng)技術(shù)及裝備、風(fēng)能太陽能等可再生能源應(yīng)用技術(shù)與裝備研發(fā)等門類齊全的專業(yè)建制；造就了一批有較高學(xué)術(shù)水平的專業(yè)技術(shù)人才；共完成各類科研技術(shù)開發(fā)項目845項，其中獲省部級以上科技成果獎90項，擁有專利、專有技術(shù)69項。
呼和浩特分院為適應(yīng)市場經(jīng)濟體制，逐步完善了各項管理規(guī)章制度，2003年通過了ISO9001質(zhì)量和ISO14001環(huán)境體系認(rèn)證。
在本世紀(jì)的前十年，呼和浩特分院要繼續(xù)以科技創(chuàng)新帶動產(chǎn)業(yè)發(fā)展，以產(chǎn)業(yè)發(fā)展促進(jìn)技術(shù)創(chuàng)新，形成人才匯萃、技術(shù)創(chuàng)新和經(jīng)濟持續(xù)增長的良性循環(huán)格局，向具有國際競爭實力的科技企業(yè)集團(tuán)發(fā)展目標(biāo)邁進(jìn)。